郑芝龙攻陷厦门的消息传到北京，让刚即位的崇祯煞是头痛，崇祯同时要面对皇太极、李自成、张献忠，已经很头痛了，但在崇祯眼里，郑芝龙只是癣疥之疾，李自成张献忠是肘腋之变，而皇太极才是心腹之患，所以招降郑芝龙被崇祯摆上了日程。
    此时郑芝龙日子也不好过，一方面，他在台湾与荷兰人已经形成了对峙状态，另一方面，他虽是海盗中最强者，但许多股海盗并不听他的，他的局面并不稳定。福建的旱灾还没结束，郑芝龙毕竟是福建人，对于桑梓之地的人民，他决心救其于水火，他除了赈济灾民外，还大量移民入台湾，人数高达数万。这是台湾有史以来最大的一次移民高潮。为了吸引饥民渡海入台，他提出所有移民台湾者每人给银三两，三人给牛一头。毫无疑问，如此大规模移民，郑芝龙需要政府方面的配合，而饥民移民台湾，也能大大减轻福建的压力，福建是人口大省，但沿海五十里外几乎都是山，很难耕作，因此这对政府也是有利的。
    就这样，崇祯与郑芝龙一拍即合，郑芝龙被崇祯封为副将，然后他打着官军旗号剿灭其他各股不听招呼的海盗，部队扩展到了三万余人、战船千余艘。
    郑芝龙以厦门为据点，开始规范内部管理，以仁、义、礼、智、信命名，建立了五大流通体系，管辖遍布内陆各地的流通渠道，另以金、木、水、火、土命名，建立五支舰队，航行在印度洋和西太平洋。他同时颁布令旗，实际上就是海上的保险单，缴纳了保护费的船上可以挂上他的令旗，如果出事，他全额赔偿。这项保险收入，达到了每年四百万两黄金。郑芝龙彻底垄断了东印度洋和西太平洋的贸易，这是荷兰人不可能接受的，于是1633年7月7日，荷兰舰队主力占领了郑芝龙控制的南澳岛，对郑芝龙发起进攻。7月12日，荷兰人偷袭厦门港，击沉郑芝龙大型战船30艘，小型战船20艘。7月14日郑芝龙派出使者与荷兰人交涉。
    荷兰人向郑芝龙收买路钱，让他每周给荷兰人二十五头猪、二十五头牛、一百只鸡，此外荷兰人还提出一系列条件：在鼓浪屿建立贸易据点，荷兰人在中国沿海无障碍收购商品，不准任何中国船只前往马尼拉，荷兰人在中国享有与中国人同等的法律权利。
    郑芝龙拒绝了荷兰的这些要求，决定让荷兰人吃火炮，并下令每斩杀一个荷兰人赏银五十两，随后他率一百五十艘战舰（其中的五十艘战舰配有英国火炮）从海澄誓师出发，在遭遇战中击沉了荷军侦察船，随后继续前进，于1633年10月22日在料罗湾包围了荷军。郑芝龙以火船为先锋，对荷兰舰队猛烈冲锋，与荷兰九艘战舰作战。此战据福建巡抚《奉剿红夷报捷书》记载，郑芝龙击沉了荷兰五艘战舰，俘获了一艘战舰，而据荷兰人的记载，荷兰有一艘战舰被郑芝龙烧毁，一艘被俘虏，三艘战舰在战役中受伤后撤退的途中遭到台风袭击而沉没，还有三艘不知去向。
    战后荷兰人不得不接收明朝苛刻的条件，赔偿大量军费，彻底放弃垄断中国沿海贸易的企图，以书面方式承认郑芝龙的海上霸权。在清朝历史上，一贯是中国人给外国人赔款，然而在明朝，即便是明末，依然是西方列强给中国赔款。这一仗，郑芝龙首开东方国家在海战几乎全歼西方殖民者的先例。崇祯中，（荷夷）为郑芝龙所破，不敢窥内地者数年（《明史》）。郑芝龙被崇祯称为海疆长城，并提拔为南澳镇副总兵。
    料罗湾海战后郑芝龙彻底取得西太平洋制海权，一时海氛颇息，通贩洋货，内客外商，皆用郑氏旗号，无儆无虞，商贾有二十倍之利。海船不得郑氏令旗，不能往来。每一船，例入三千金。岁入千万计。芝龙以此富敌国，自筑城于安平海梢，直通卧内，可泊船，径达海。其守城兵，自给饷，不取于官，旗帜鲜明，戈甲坚利。凡贼遁入海者，檄付芝龙，取之如寄。（《明季北略》）各国皆飞黄（郑芝龙）旗号，沧海大洋如内地矣，中国官方第一次对大洋深处实施了有效管理。而郑芝龙的联合舰队规模也达到二十万人，三千艘战船，成为西太平洋地区最大的海军，台湾海峡则完全成为郑芝龙的内海。占城、越南南部、吕宋、孟买、长崎、巴达维亚（雅加达）、马六甲、柬埔寨、暹罗（泰国）等地全都成了郑芝龙舰队的通商港口。
    郑芝龙通过令旗来收买路钱，壮大舰队，崇祯则从郑芝龙的买路钱里获得一部分作为税收，明朝官方不费一兵一卒、一枪一弹，赢得东南沿海的和平与繁荣，这是中国历史上唯一一次政府与海盗真正的精诚团结，各得其所。这种合作的意义，与英国女王伊丽莎白一世与海盗德雷克的合作完全一样，有效地整合了国家力量与民间力量。
    对比西方的殖民扩张史，郑芝龙的发迹史恰恰是西方无数海商发迹史在中国的翻版。此战后福建广东海外贸易日益繁荣，如能照此发展，以明朝中后期中国人思想的开放程度和科学技术发展程度而言，古老中国将走向自己独有的近代化历程。遗憾的是，随着清军入关，中华民族的民族性和商品经济遭到了毁灭性打击。
    中华民族走向海洋的希望随着清国的海禁破灭了，硕大无朋的帝国又回到了那片黄色的土地，回到了农业社会。有明一代也许就像狄更斯在《双城记》开头所写的那样：我们所处的时代是那样的时代，那是最美好的时代，那是最糟糕的时代；那是智慧的年头，那是愚昧的年头；那是信仰的时期，那是怀疑的时期；那是光明的季节，那是黑暗的季节；那是希望的春天，那是失望的冬天。我们很快要上天堂了，我们也要下地狱了。哎，痛！