此后十年日本人没有在东南沿海挑事儿，但荷兰人来了。17世纪初，荷兰摆脱西班牙的殖民统治后也加入殖民者的行列。荷兰这个低于海平面，不得不年年筑大堤以防海水的灭顶之灾的小国却焕发出征服世界的勃勃雄心，号称海上马车夫的他们赶着能蹈海穿浪的马车走向了世界。
    1604年8月荷兰人派两艘战舰驶向澎湖，当时正值明末北方抗清前线吃紧，明朝海军从澎湖撤退，于是荷兰人以通商为名顺利占领澎湖。抗倭英雄沈有容率二十艘战船来收复澎湖，荷兰人说：中国兵船到此，是不是要和我们干一仗，如果是的话，我们奉陪。沈有容说：中国惯于杀贼，你们既说通商就优容你们，你们还蹬鼻子上脸。要想打仗吗？你们难道没听说过我大破倭寇，使海水尽赤吗？我不想让你们步日本人的后尘。荷兰人韦麻郎无奈，他说等风暴平息就撤走，实际是赖着不走。
    沈有容严肃地说：我们福建巡抚说要调大军剿灭你们，我说你们是来通商的，不必动武，只要我交涉，你们就撤走，大军这才没来。谁知你们不听劝告，赖在这里，干不可告人的烂事，我打算回去禀报，让巡抚发兵。韦麻郎吓得胆战心惊，表示一定退兵，可他贼心不死，私下里送三万两银子给沈有容，让他别赶他们走，被拒绝。韦麻郎这才死心，在十月二十五日离去。荷兰人不费一枪一弹占领澎湖，沈有容不费一枪一弹收复澎湖！
    韦麻郎临走时将铜炮、炮弹和荷兰特产赠给沈有容，沈有容只留下炮弹和铜炮，其余一概奉还，真是不杀而威，不令而行呀！人们在澎湖立石碑永久纪念此事，上书：沈有容谕退红毛韦麻郎等。这块碑在今天仍然存在，作为中华民族的光荣载入史册。
    荷兰的战舰舟长二十余丈、高数丈，双底。木厚二尺有咫，外鋈金锢之。四桅，桅三接，左右两樯列铳，铳大十数围，皆铜铸；中具铁弹丸，重数十斤，船遇之立粉，作战能力十分强。而这时福建水师的战船却多是商船与渔船改造的，虽有五十艘之多，但未必稳操胜券。所以沈有容能够兵不血刃逼荷兰人退兵也是难能可贵的，或者说也是更为明智的选择。
    荷兰人走了，日本人又来了，日本幕府将军德川家康在万历四十一年（1613年）通过琉球致书明朝，要求恢复贸易，否则他将令日本西海道九国数万之军进寇于大明，大明数十州邻于日本者，必有近忧矣。但由于琉球并未将此等无礼的文件传达，所以明廷不知此事。
    德川家康一看，你不理我，那老子我就自己来了，他给村山等安颁发了高砂国渡航船朱印状（当时日本称台湾为高砂国），并派给他三千士兵，委任他侵略台湾。
    村山等安派遣自己的儿子村山秋安率领着十一艘战船从长崎出发，但舰队在途中遭遇风暴，船队漂散，一部分骚扰闽浙沿海；一部分去了越南贸易；明石道友所率的三艘船虽然到达了台湾北部，其中一艘小船上的日本兵仓促登陆，被台湾土著民围攻，打打不过，突围突不出去，最后这些日本兵集体高喊着天皇陛下万岁而剖腹自杀。明石道友手下三艘船变成了两艘，他率领两艘船流窜至福建海面，烧杀抢掠，于五月来到浙江东沙岛（不是南海上的东沙岛）。福建巡抚黄承玄派董伯起前去侦察，董伯起虽然化装成渔人，但被明石道友看出来了，于是明石道友拿刀逼他，问：说！你是干什么来的？董伯起骗他说：我军门知道你来犯，已经造好五百艘战舰等着你呢，我们的舰队马上就要到了！明石道友还真实在，他信了，于是率船队撤回日本，但没放走董伯起，以便将他作为与福建政府谈判的筹码。
    此后五年时间，不知道村山等安去忙什么了，反正是杳无音信，直到万历四十六年（1618年）四月，明石道友奉村山等安之命，以送回董伯起为名，携带礼物及上明朝表章来到福建王崎澳，要求恢复通商。福建巡抚黄承玄命沈有容跟日本人交涉，当时明石道友在交涉时没佩刀，沈有容问：你为何不佩刀？明石道友答道：不敢。沈有容亲自取来一把太刀给他配上，明石道友感激涕零，因为佩刀毕竟是武士的象征。明石道友此前听说过沈有容在台湾大破日本海军的事，加之被沈有容镇住了，没敢提别的，放了董伯起后就回船上了。
    明石道友还未离开，日本人桃烟门又率领三艘战船、倭寇百余人进犯浙江，击沉了浙江的一艘明军兵船。他们在驶进东沙白犬澳时，触礁搁浅，于是日本人就在岸边盖房子，打算长期盘踞。福建巡抚黄承玄得到消息后，将此事交给沈有容负责。沈有容率兵三路围困，用大炮猛轰，焚毁了倭寇的房舍与积聚，但倭寇依然拼死顽抗。
    把总何承亮要进攻，沈有容说：倭寇困兽犹斗，很难让其投降，这一带多礁石，我军如硬攻，很容易损失战舰。不如诱敌出战，将敌人擒获。
    随后他派精通日语的王居华前往劝说日本人，王居华用日语说：你们日本人的命就在须臾之间，如果你们没有冒犯我大明的罪过，把事情讲清楚，或许还能有一线生路，不然的话，你们必死无疑！要知道，明石道友都已经受招抚了。桃烟门听后，有些犹豫。次日，有倭寇率三艘船前来救援，三艘船都被沈有容击沉。